6-ступенчатая, механическая, с синхронизаторами на всех передачах переднего хода.
Конструкция коробок передач нового поколения предусматривает:
установку пневмоусилителя переключения передач;
применение электропневматического управления различной степени автоматизации;
блокировку запуска стартера при включенной передаче;
установку электронного датчика спидометра; (//ukrgo.com.ua)
применения ходоуменьшителя;
дополнительный отбор мощности до 100 л.с.
Коробки могут быть укомплектованы герметизированным картером сцепления. Объем масла в картере коробки передач 8+0,5 л.
ЯМЗ-1306 и ЯМЗ-1406 отличаются от базовых моделей ЯМЗ-336 и ЯМЗ-3361 наличием косозубых шестерен 1-й передачи и заднего хода.
ЯМЗ-1306-100 и ЯМЗ-1406-100 отличаются от переходных моделей ЯМЗ-1306 и ЯМЗ-1406 наличием картера сцепления с размерами по SAE N1 с люком для установки фланцевого пневматического усилителя выключения сцепления.